Сергей,
в части нарушений пунктов ПУЭ, если они действительно имеют место быть, представитель Госпожнадзора прав предъявляя Вам претензии, т.к. ПУЭ это документ действующий с прошлого века (последние редакции 6, 7 действуют и по ныне).
По вопросу предъявления претензий к монтажу: первое, что Вы должны сделать это поднять архивную копию рабочего проекта и изучить как в нем показана прокладка данных линий. Если также не правильно, без учета требований ПУЭ, то основная вина лежит на проектировщике; если прокладка показана верно - по негорючим основаниям, а ошибку допустила монтажная организация, то поднимайте договор с ней, изучайте гарантиные условия. Также нужно выяснить кто принял данную работу по акту сдачи-приемки выполненных работ, были ли в нем отражены данные замечания. И т.д.
